Pada tahun 1579, Pakuwan
Pajajaran - kota dalam Kerajaan Sunda di Jawa Barat yang belum masuk Islam itu
- ditaklukkan oleh tentara Islam raja Banten. Mengenai kejadian ini buku-buku
sejarah di Banten, misalnya Sadjarah Banten dan Hikayat Hasanuddin,
memuat keterangan yang cukup. Pangeran Jepara, anak Hasanuddin dari Banten,
ternyata tidak ikut dalam ekspedisi melawan Pajajaran, dan Ratu Kalinyamat juga
tidak disebut. Ada kemungkinan bahwa pada tahun 1579 Ratu Jepara baru saja
meninggal dan bahwa keponakannya, sekaligus anak angkatnya, Pangeran Jepara,
telah menggantikannya sebagai raja.
Pada tahun 1580, Molana
Yusup, raja Banten dan pahlawan yang merebut Pajajaran, meninggal. la
meninggalkan hanya seorang anak laki-laki yang masih di bawah umur. Menurut
para penulis sejarah di Banten, Pangeran Jepara - saudara raja yang telah
meninggal itu - telah menuntut haknya atas tahta Kerajaan Banten. la bersama
Demang Laksamana, panglima armada, pergi dari Jepara ke Banten. Tetapi di
Banten, Laksamana (sama orangnya dengan yang pada tahun 1574 bertempur melawan
Malaka?) menemui ajalnya dalam perkelahian melawan perdana menteri Banten, dan
Pangeran Jepara terpaksa kembali ke kerajaannya sendiri. Dengan peristiwa itu
berakhirlah pengaruh pemerintahan Jepara di Jawa Barat. Sejak itu
kerajaan-kerajaan Jawa Barat - Banten dan Cirebon - menempuh jalan sejarahnya
masing-masing.
Tahun 1588, yang membuka
jalan bagi Senapati Mataram untuk memperluas kekuasaannya di Jawa Tengah
setelah meninggalnya Sultan Pajang, mungkin merupakan tahun sial bagi raja-raja
terakhir di Demak dan di Kudus. Tetapi agaknya masih beberapa tahun berlalu
sebelum prajurit-prajurit Mataram dari pedalaman Jawa Tengah muncul di Kota
Jepara. Mungkin mereka masih merasa gentar melihat benteng yang mengelilingi kota
dan benteng yang di Gunung Danareja. Pada akhir abad ke-16, menurut
pelaut-pelaut Belanda (Eerste Schipvaert, jil.I, hal. 103), kebanyakan
kota pelabuhan di Jawa dikelilingi tembok batu atau kayu, pada sisi yang
menghadap daerah pedalaman.
Pada dasawarsa terakhir
abad ke-16, kekuasaan raja Jepara di laut masih dihormati. Pada tahun 1593 ia
telah memerintahkan menduduki Pulau Bawean di Laut Jawa dengan armadanya. Pada
tahun 1598 ia menimbulkan kesan pada orang Belanda seakan-akan memiliki sarana
kekuasaan yang luar biasa (Eerste Schipvaert, jil. I, hal. 103).
Ada kemungkinan, serangan
laskar Mataram yang sudah diperkirakan itu datang pada tahun 1599; dan
berakhirlah pemerintahan Pangeran Jepara. Dalam suatu surat berbahasa Belanda
pada tahun 1615 (Colenbrander, Coen, jil. VII, hal. 45) terdapat
kata-kata tentang destructie 'penghancuran' kota Jepara. Serangan
Mataram dari pedalaman ke kota-kota pelabuhan Pasisir yang makmur itu telah
mengakibatkan kerusakan yang berat. Tidak mustahil, Jepara juga menjadi korban
amukan gerombolan itu. Mungkin pada kesempatan tersebut istana Kalinyamat juga
dihancurkan.
Tidak
ada kabar tentang nasib keluarga raja Jepara. Dalam pemerintahan raja-raja
Mataram, kota pelabuhan itu - yang diperintah oleh seorang bupati yang diangkat
oleh raja- pada abad ke-17 masih agak lama berfungsi sebagai tempat pertemuan
antara pihak Jawa dan pihak Belanda dari Jakarta. Akhirnya peranan itu diambil
alih oleh Semarang.
Dikutip dari
Kerajaan-kerajaan Islam Di Jawa, DR. H.J. DE GRAFF, DR. TH. G.TH. PIGEAUD