Tidak mudah menetapkan
dengan teliti kurun waktu berita-berita menyangkut Kudus sebagai pusat agama. Berita
yang diketahui dengan pasti tentang kronologi dinasti para ulama di Kudus itu
hanya sedikit. Namun, masuk akal jika Kudus mencapai kejayaannya berkat
jasa-jasa Sunan pertama, penyebar agama Islam yang gagah berani, dan berkat
jasa-jasa ayahnya, seorang yang alim.
MenuIut Solichin Salam,
kiranya sunan pertama telah meninggal pada tahun 1550 (Solichin Salam, Kudus), Sadjarah
Dalem, silsilah keturunan raja-raja Mataram, menyebutkan tiga penguasa di
Kudus, seorang sunan, seorang panembahan, dan seorang pangeran. Gelar yang
kurang tinggi bagi yang kedua dan ketiga itu merupakan bukti berkurangnya
kekuasaan pemerintahan, sesudah meninggalnya sunan pertama yang bersemangat
itu. Kiranya dapat diperkirakan bahwa kemenangan Jaka Tingkir, Sultan Pajang,
atas Aria Panangsang dari Jipang, murid tersayang Suntan Kudus, pada tahun
1549, sangat merugikan wibawa pemerintahan Kudus di Jawa Tengah.
Menurut cerita Jawa, konon, seorang penguasa
di Kudus (mungkin yang kedua itu, yaitu panembahan) telah memperistri putri
dari Giri. Hubungan dengan keturunan sunan-sunan dari Giri/Gresik, yang pada
paruh kedua abad ke-16 masa jayanya, mengandung kebenaran juga. Hal itu telah mewujudkan
hubungan antara dua pusat keagamaan Islam yang penting di Jawa Tengah dan Jawa
Timur.
Sama sekali tidak
diketahui tahun berapa panembahan dari Kudus (menurut Sadjarah Dalem)
diganti oleh pangeran itu. Yang dapat dipercaya ialah bahwa bagi keturunan para
penguasa di Kudus, seperti halnya juga bagi raja Demak terakhir yang setengah
merdeka juga itu, ternyata 1588 merupakan tahun yang tidak menguntungkan.
Kesultanan Pajang, yang didirikan oleh Jaka Tingkir, sebelumnya seorang abdi
Keraton Demak, tampaknya pada perempat ketiga abad ke-16 telah memperlihatkan
sikap bersahabat terhadap "para ulama" di Demak dan Kudus. Pada tahun
1588, karena meninggalnya Sultan, kekuasaan Pajang jatuh; Panembahan Senapati
dari Mataram mulai memperluas daerahnya. Raja-raja dari Mataram, yang pada
mulanya tidak mempunyai hubungan perkawinan atau apa pun dengan keturunan raja
yang lebih tua di Pesisir, agaknya bertindak sangat keras di pusat-pusat
peradaban Islam yang lebih tua di Pesisir. Lebih dahulu telah dikemukakan bahwa
raja Demak yang terakhir telah melarikan diri karena terus didesak oleh
Mataram, mula-mula ke Malaka, kemudian ke Banten. Masuk akal jika pangeran
Kudus yang terakhir mencari perlindungan di Jawa Timur, mungkin pada
sanak-saudaranya di Giri/Gresik, atau di Tuban, di kalangan mereka yang
menghormati Sunan Bonang sebagai orang suci. Para sunan di Kudus masih
mempunyai hubungan keluarga jauh dengan Sunan Bonang dan Sunan Ngampel Denta di
Surabaya.
Di bawah kekuasaan
raja-raja Mataram pada abad-abad ke-16, ke17, dan ke-18 ada hubungan
pemerintahan antara Demak dan Kudus. Keduanya berada di bawah kekuasaan para
penguasa Mataram. Walaupun berasal dari Mataram, beberapa di antara bupati itu
dalam perang saudara di Mataram ikut menentang kekuasaan tertinggi di pusat,
dan membantu para calon pengganti raja yang memberontak. Sekali bermukim di
"daerah" mereka tampaknya terpengaruh oleh tradisi setempat yang
berakar pada kejayaan masa lampau sebagai kerajaan merdeka. Pangeran Puger,
paman Sultan Agung, sendiri diharuskan tinggal di Kudus ketika ternyata bahwa
di Demak - tempat ia memerintah - ia dikhawatirkan akan memusatkan kekuasaan
dan membahayakan pemerintah pusat.
Dikutip dari
Kerajaan-kerajaan Islam Di Jawa, DR. H.J. DE GRAFF, DR. TH. G.TH. PIGEAUD